MAN Insan Cendekia Serpong Sekolah Terbaik Versi LTMPT, Ternyata Warisan B.J. Habibie

Pada tahun ajaran 1996/1997, penerimaan siswa SMU Insan Cendekia diprioritaskan bagi lulusan SMP/MTs berprestasi yang berasal dari pondok pesantren dan sekolah Islam lainnya. Tetapi sejak tahun ajaran 1997/1998, SMU Insan Cendekia memberi kesempatan kepada lulusan SLTP umum dan MTs, baik negeri maupun swasta.

Dan sejak tahun ajaran 2000/2001, SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI. Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan Iptek, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama.

Kemudian, SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia. Pada 2001, dengan SK Menteri Agama RI Nomor 490 Tahun 2001, MA Insan Cendekia Serpong dan Gorontalo berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN).

Pembelajaran di MAN IC serpong memadukan kurikulum pendidikan nasional dan kurikulum pesantren. Sistem pembelajaran menggunakan sistem SKS paket ditambah pembelajaran tambahan setelah waktu salat Asar dan malam hari.